Từ năm 2009 đến nay, ThS.BS CKII Phạm Phúc Khánh công tác liên tục tại Trung tâm Phẫu thuật Đại trực tràng và Tầng sinh môn – Bệnh viện Hữu nghị Việt Đức, một trong những đơn vị ngoại khoa chuyên sâu hàng đầu Việt Nam.
Đây là môi trường giúp bác sĩ tích lũy nhiều kinh nghiệm thực tế trong thăm khám, điều trị và phẫu thuật các bệnh lý hậu môn – đại trực tràng, bao gồm nhiều ca bệnh phức tạp và chuyên sâu.
Không chỉ chú trọng thực hành lâm sàng, bác sĩ còn thường xuyên tham gia các hội thảo khoa học, chương trình đào tạo chuyên ngành trong và ngoài nước nhằm cập nhật các phương pháp điều trị tiên tiến, hướng tới hiệu quả điều trị tối ưu và giảm xâm lấn cho người bệnh.